사업자 등록을 하지 않은 주택조합에 종합부동산세를 부과한 세무 당국 처분은 타당하다는 법원 판단이 나왔다. 사진은 기사내용과 무관. /임세준 기자

[더팩트ㅣ송주원 기자] 사업자 등록을 하지 않은 주택조합에 종합부동산세를 부과한 세무 당국 처분은 정당하다는 법원 판단이 나왔다.

26일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정2부(신명희 부장판사)는 A 주식회사가 삼성세무서장을 상대로 낸 '종합부동산세 등 부과 처분취소' 소송에서 원고 패소로 판결했다.

사건은 한 주택조합에 세무 당국이 종부세를 부과하면서 시작됐다. 앞서 이 조합은 지방자치단체로부터 아파트 건설사업계획을 승인받아 아파트를 짓고 A 사를 미분양아파트에 대한 수탁자로 하는 부동산담보신탁 계약을 체결했다. 이후 A 사는 조합 앞으로 소유권이전등기 절차를 마무리했다.

세무 당국은 종부세 과세기준일까지 미분양 상태로 남아 있는 주택을 종부세 과세표준 합산 대상으로 보고 A 사에 종부세 약 2519만 원과 농어촌특별세 503만 원 상당을 부과했다. A 사는 이에 불복해 조세심판원에 심판을 청구했으나 기각당했고, 법원에 행정소송을 냈다.

하지만 법원 판단도 같았다. 종부세법상 미분양 주택이 종부세 과세표준 합산 대상에서 제외되려면 신탁 재산의 경우 위탁자가 과세기준일 시점에 사업자 등록을 해야 한다고 규정하는데, A 사와 계약을 맺은 조합은 법인세법에 따른 사업자 등록을 하지 않았다는 이유다. 재판부는 "종부세 시행령상 사업자 등록은 법인세법에 따른 사업자 등록을 의미한다고 해석해야 한다"라고 판단했다.

A 사는 조합이 부가가치세법 시행령에 따른 고유번호를 부여받은 점을 강조했지만 받아들여지지 않았다. A 사 측은 재판 과정에서 "종부세법 시행령 조항에 따르면, 그 주택의 건축·소유 주체가 '과세기준일 현재 사업자등록을 한 자'여야 하는데 이때 사업자등록은 소득세법과 법인세법상 사업자등록으로 제한되지 않고 부가가치세법상 사업자등록도 포함된다"라며 "조합은 국세기본법에 따라 '법인으로 보는 단체'로 승인받고 고유번호를 부여받았는데 이는 사업자등록번호에 준하는 것"이라고 주장했다.

재판부는 "고유번호를 부여한 취지는 지역주택조합이 법인세법 또는 소득세법상 소득의 귀속 주체가 됨에도 고유번호만을 유지한 채 소득세법 또는 법인세법상의 사업자등록을 하지 않는다면 조세 탈루의 우려가 있다는 사정을 반영한 것"이라며 "부가가치세법 역시 사업자등록과 고유번호를 구별하고 있어 고유번호만 부여받은 사업자는 매입세액공제 대상이 될 수 없고, 고유번호만 부여받은 사업자를 사업자 등록까지 한 자와 동일하게 볼 수 없다"라고 지적했다.

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